Fetüsten kan örneklemesi yönteminin avantajı sadece kromozomları değil bebekteki bazı diğer hastalıkları da saptayabilmektir. Bu yöntem örneğin Rh faktörü uygunsuzluğu varlığında bebekte kansızlık gelişmesi durumunda, kansızlığı saptayabildiği gibi, gerekirse anne karnında bebeğe uygun kan verilerek bu hastalığı tedavi etmeyi de mümkün kılmaktadır. Yine bu yöntemle bazı tıbbi hastalıkların anne karnında tanısını koymak ve tedavi etme şansı elde edilmektedir.

Annede hipotiroidi veya hipertiroidi olan ve bebekte de guatr oluşan durumlarda, bebeğin göbek kordonundan, kandaki tiroid hormonları seviyesine bakarak bebeğin hangi safhada olduğunu anlama şansı elde edilmektedir. Bebekte tiroid bezinin az ya da fazla çalıştığı saptanan durumlarda amniyotik keseye bir iğneyle girilerek bebeğe  gerekli olan tiroid hormonu verilebilmektedir.