Kromozom sayı ve yapı anomalileri grubunda ise en sık karşılaşılan durum 21. kromozom sayısının 3 olduğu Down sendromudur. Detaylı ultrasonografi ile bu hastalıklara ait ultrason belirteçleri araştırılır. Ancak, detaylı ultrason kromozom hastalıkları için kesin tanı yöntemi değildir. İkili ve/veya üçlü tarama testinde çıkan olasılık sonucu artırıp, azaltabilir. Kromozom hastalıklarının tanısında altın standart koryon villus örneklemesi (CVS) veya amniyon sıvısının alınması (amniyosentez) ile elde edilen fetal hücrelerin kromozomlarının sayı ve yapısının incelenmesidir.