Kromozom Anormalliklerinin Tanısında Yeni Bir Yöntem: Array Teknolojisi’dir. (Mikroarray metoduyla Genomik Hibridizasyon (CGH) )
Belirli bir genetik hastalık veya sık görülen kromozom anormallikleri (trizomi 21,18,13) açısından yüksek riskli olan gebeliklere amniotik sıvı veya koryon villüs örneklemesi (CVS) yapıldıktan sonra, alınan fetal örneğin geleneksel kromozom analizi ile değerlendirilmesi sonucu sınırlı sayıda hastalıkların tanısı konulabilmektedir. Oysa günümüzde doğum defektleri veya gelişim problemleriyle seyreden 70 ten fazla hastalığın küçük bir kromozom segmentinin delesyonu yada duplikasyonu sonucu ortaya çıktığı bilinmektedir. Bu hastalıklar aynı anda binlerce genomik bölgenin kopya sayılarını değerlendirebilen Mikroarray tabanlı Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (CGH) yöntemi ile belirlenebilmektedir.
ACOG (Amerika Kadın Hastalıkları ve Doğum Derneği) ‘un prenatal array metodu ile CGH ile ilgili düşünceleri: (Kasım 2009)
Geleneksel karyotip analizi prenatal tanıda halen temel sitogenetik tanı yöntemidir. Array CGH ,anormal anatomik bulguların ve normal karyotipin bulunduğu prenatal vakalarda, geleneksel karyotipin elde edilemediği durumlarda ve konjenital anomalilerin eşlik ettiği intrauterin fetus ölümünde genetik danışma ile birlikte hastaya önerilebilir. Çiftlere array CGH nin tüm genetik patolojileri saptayamayacağı anlatılmalıdır. Array CGH bir tarama metodu olarak yararlı olabilir fakat kullanım alanlarını ve kısıtlamaları tamamen belirlemek için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Mikroarray çipinde insan genomunun spesifik bölgelerini temsil eden DNA parçacıkları mevcuttur. Hastanın DNA sı çip ile hibridize edilir ve böylece geleneksel karyotip analizi ile belirlenemeyen dengesiz kromozom anomalileri (kopya sayı değişiklikleri) saptanır.
Kromozom analizi 1970’lerden beri prenatal sitogenetik tanının standart metodu olmuştur. Geleneksel karyotip analizi ile mikroskobik olarak görülebilen anöploidiler, dengeli-dengesiz kromozomal translokasyonlar, inversiyonlar ve kromozomal mozaizim, saptanabilirken; tipik olarak 4-5 Mb altı kromozomal değişiklikler saptanamazlar. Bunun yanında karyotip analizin hücre kültürü gerektirmesi, genellikle örnekleme ile sonuç arasında geçen sürenin 10-14 gün kadar olması gibi dezavantajları mevcuttur. Daha da önemlisi submikroskobik delesyon, duplikasyon ve diğer yeniden düzenlemeler saptanamazlar. Bu kategorideki yapısal genomik değişikliklerin %17’ye kadar sendromik veya non-sendromik mental retardasyonla ilişkili olduğu bildirilmektedir.
Bununla birlikte daha hızlı sonuç veren bir yöntem olan Mikroarray tabanlı Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (CGH) ile karyotip analizinin aksine daha küçük (submikroskobik) kazanımlar ve kayıplar , dengesiz düzenlemeler (DNA kaybı veya kazanımı) saptanabilirken, dengeli translokasyonlar, inversiyonlar ,nokta mutasyonlar ve array üzerinde olmayan kopya sayı değişiklikleri saptanamamaktadır. Mikroarray CGH halihazırda pediatrik populasyonda mental retardasyon ,otizm, dismorfizm ve gelişim bozukluğu ile giden bazı sitogenetik ve genomik bozuklukların klinik tanısında genişçe kullanılmaktadır.Son birkaç yıldır prenatal tanıda kullanımı konusunda değerlendirmeler devam etmektedir.
Prenatal tanının yanında gerek spontan düşüklerin ve intrauterin fetus ölümlerinin genetik kökenli sebeblerinin araştırılmasında da kullanılmaya başlanmıştır. Bununla ilgili çalışmalar halen devam etmektedir.
Günümüzde fetal kromozom anomalilerinin karyotip veya FISH ile prenatal tanısında olduğu gibi CGH için de koryonik villüs veya amnios mayi örneklemesi gibi invaziv bir prosedür gerektirmektedir. Bir çalışmada 1 ml amnios sıvısından elde edilen DNA ile mikroarray CGH başarıyla gerçekleştirildiği belirtilmiştir. Buradan karyotip analizi için gerek olan materyelden çok daha az bir materyelle bu testin gerçekleştirileceği anlaşılmaktadır.
